2.1 Mengarungi Samudera Ilmu KH. Said Aqil Siradj kecil tumbuh dalam tradisi dan kultur pesantren. Dengan ayahandanya sendiri, ia mempelajari ilmu-ilmu dasar keislaman. Kiyai Aqil merupakan putra Kiai Siradj, yang masih keturunan dari Kiyai Muhammad Said Gedongan.
Baik Kiai Mahrus maupun Kiai Said Aqil Siradj merupakan keturunan Kiai Sa'id pendiri Pesantren Gedongan. Kiai Sai'd nama aslinya Muhamad Sa'id, beliau hidup pada sekitar tahun 1800 an, belum ada kepastian tanggal, dan tahun beliau dilahirkan. Kiai Sai'd dilahirkan di Desa Pesawahan Sindanglaut Cirebon.
Dari hasil penelusuran, klaim Achmad Dasuki Siradj ayah dari KH Said Aqil adalah salah. Faktanya, tidak ada silsilah di antara keduanya. Faktanya, informasi ini adalah hoaks lama yang kembali beredar. Kami pernah mengulas klaim serupa pada 23 April 2021.Ketua Pengurus Besar NU, KH Said Aqil Siradj tercatat merupakan cicit dari tokoh ulama pada abad ke-19 yakni KH. Muhammad Said Pendiri Pondok Pesantren
Kiai Said dikenal brilian dan tanpa tedeng aling-aling. Penjelasannya soal hukum mendalam, namun mudah dicerna. Nah, ini yang barangkali jadi kejutan untuk umat Islam. Ternyata, Kh Said Aqil Siradj adalah keturunan Rasulullah atau dzurriyah Nabi. KH Said Aqil Siraj adalah keturunan Syarif Hidayatullah (Sunan Gunung Jati Cirebon) melalui jalur nasab Kraton Gebang Ilir Kuningan Cirebon.. bukan melalui jalur sultan Banten seperti yang banyak beredar di dunia maya.KH. Ja'far Shodiq Aqil Siroj, akrab dipanggil Buya Ja'far oleh para santrinya lahir di komplek Pondok Pesantren Kempek Kecamatan Gempol Kabupaten Cirebon pada tanggal 1 Juni 1951 KH.